日本産コメツキムシ科は11亜科123属704種205亜種に分類されています。

Subfamily Agrypninae Candèze, 1857 サビキコリ亜科 18属63種20亜種
Subfamily Thylacosterninae Fleutiaux, 1920 ツツコメツキ亜科 1属1種
Subfamily Lissominae Laporte, 1835 フトヒゲコメツキ亜科 1属3種
Subfamily Pityobiinae Hyslop, 1917 アズサチビコメツキ亜科 1属1種
Subfamily Oxynopterinae Candèze, 1857 オオヒゲコメツキ亜科 2属8種2亜種
Subfamily Dendrometrinae Gistel, 1848 カネコメツキ亜科 37属154種91種
Subfamily Negastriinae Nakane and Kishii, 1956 ミズギワコメツキ亜科 10属109種13亜種
Subfamily Elaterinae Leach, 1815 コメツキ亜科 45属341種70亜種
Subfamily Cardiophorinae Candèze, 1859 ハナコメツキ亜科 6属21種9亜種
Subfamily Hemiopinae Fleutiaux, 1941 クビマルキコメツキ亜科 1属1種
Subfamily Subprotelaterinae Fleutiaux, 1920 キマダラツツコメツキ亜科 1属2種