日本産ホタル科は、次の3亜科7属32種5亜種に分類されています。
Subfamily Psilocladinae McDermott, 1964 / クシヒゲボタル亜科　1属6種1亜種
Subfamily Lampyrinae Rafinesque, 1815 / マドボタル亜科　4属15種4亜種
Subfamily Luciolinae Lacordaire, 1857　ホタル亜科　2属11種